upstreamのperlだとビルドでコケるようになったので、自前で使うのをperl-5.16.3-RC1に切り替えてみました。
https://metacpan.org/release/RJBS/perl-5.16.3-RC1$ ./Configure
$ sed -i 's/(x86)/"(x86)"/g' Makefile
（upstreamだと対策されてました。）
$ make
これで、ビルドが終わります。
$ make test
Failed 17 tests out of 2243, 99.24% okay.
u=8.03 s=7.30 cu=645.56 cs=524.12 scripts=2243 tests=519379
../cpan/Time-HiRes/t/alarm.t
../cpan/Time-HiRes/t/ualarm.t
は、360s待たないと失敗しません。
親切な人がまた、cygwin64のautoconf,automake,perlを作ってくれました。
http://sourceforge.net/projects/cyg64files/files/
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